Inicialmente chamado Liceu Nacional da Horta iniciou as suas actividades a 1 de Outubro de 1853, embora a sua constituição definitiva apenas se tenha verificado a 15 de Maio de 1854, num edifício próximo do Convento da Glória.
A sua exiguidade e a dispersão das aulas por outras casas junto ao Teatro União Faialense obrigaram à sua transferência para o Largo do Bispo, onde passou a funcionar desde de 1 de Janeiro de 1882. Aqui se manteve até 31 de Agosto de 1926, quando um violento terramoto danificou grandemente o imóvel.
Entretanto, em 1918, passa o Liceu a designar-se de Manuel de Arriaga, denominação que se manteve até 1947, data a partir da qual os liceus serão conhecidos pelo nome da localidade onde estão implantados. Abandonado o imóvel, e correndo-se o risco de não haver aulas no ano lectivo de 1926-1927, foi um acto de benemerência que impediu que isso acontecesse.
José da Rosa Martins (barão da Ribeirinha) pôs o seu palacete da Conceição à disposição das autoridades, para nele se instalar o liceu. Após a resolução dos problemas das instalações, outro de maior gravidade surgiu quando, pelo artigo 2º do Decreto n.º 15.365, de 12 de Abril de 1928, o Liceu Provincial Dr. Manuel de Arriaga era extinto. Mas, graças à mobilização da imprensa local, da Associação dos Professores do Liceu, dos faialenses e açorianos radicados em Lisboa e da intervenção do Coronel Silva Leal, Delegado Especial do Governo da República para os Açores, a decisão foi revogada pelo Decreto nº15.747 , de 19 de Julho de 1928, da autoria do ministro Duarte Pacheco.
Em 1935, uma nova crise sísmica obrigou à transferência do liceu para as actuais instalações do chamado edifício velho da Secundária, que tinham sido alugadas à Companhia Inglesa de Cabos Submarinos, depois adquiridas pelo Estado Português.
A 27 de Abril de 1950, as obras de adaptação e ampliação (Construção do Ginásio Masculino) foram solenemente inauguradas. O aumento do número de alunos, dado o funcionamento, desde 1949, nas suas instalações, da Escola do Magistério Primário e a abertura do 3º ciclo (6º e 7ºanos), em 1957, obrigaram à construção do actual edifício novo (1962-1966).
Com o 25 de Abril, a designação Liceu foi substituída por Escola Secundária.
No entanto, só a partir do ano lectivo de 1977-78 é que o Liceu Nacional da Horta passou a denominar-se Escola Secundária da Horta; em 1994, Escola Secundária Geral e Básica Dr. Manuel de Arriaga; em 1999, Escola Básica 3 e Secundária Dr. Manuel de Arriaga; em 2004, Escola Secundária Manuel de Arriaga.
Reitores do Liceu da Horta
1849-1868 – João de Bettencourt Vasconcelos Correia e Ávila
1868-1871; 1872-1879; 1881-1890 – António Emílio Severino de Avelar
1874 -1890 – Cypriano Joaquim da Silveira
1871; 1879; 1890-1891 – António Lourenço da Silveira Macedo
1892-1893 – João José da Graça
1896-1900 – Edwiges Goulart Prieto
1893-1894; 1900-1904; 1906-190 -José Maria da Rosa
1904-1906 – João Pereira de Lacerda Forjaz
1896; 1907-1919; 1929 – Florêncio José Terra
1894-1896; 1922-1923; 1925; 1926-1929; 1930-1934 – Simão de Roches da Cunha Brum
1920-1922; 1926 – Manuel Agostinho da Fonseca
1923-1925 – Gabriel Baptista de Simas
1935-1936 – Agostinho da Silva
1936-1942; 1945-1948 – Joaquim José Gomes Belo
1949-1953 – Sebastião António Morão Correia
1955-1958 – Manuel Luís da Rocha Silveiro
1958-1959 – Laurindo José da Costa
1948; 1963-1970 – Manuel Alexandre Madruga
1970-1974 – José da Silveira Pinheiro
Presidente do Conselho Directivo do Liceu Nacional da Horta
1975-1977 – Luís Eduardo Neves de Brito e Melo
Presidente da Comissão Instaladora da Escola Secundária da Horta
1977-1978 – Luís Eduardo Neves de Brito e Melo
Presidente do Conselho Directivo da Escola Secundária da Horta
1978-1981 – Manuel Tomás da Costa
1981-1984 – Guilherme Marinho Pinto de Sousa
1984-1985 – José Silveira Pinheiro
1985-1986 – Maria de Fátima Freitas Baptista
1986-1987 – Maria Luna Ávila Benarús
1987-1988 – Guilherme Marinho Pinto de Sousa
1988-1990 – Luís Eduardo Neves de Brito e Melo
1990-1992 – Guilherme Marinho Pinto de Sousa
1992-1993 – Maria Leonor Corvelo Ávila Dutra
1993-1994 – Alda Maria Conde Fontes de Brito e Melo
Presidente do Conselho Directivo da Escola Secundária Geral e Básica Dr. Manuel de Arriaga
1994-1996 – Maria Isabel Simas Trancoso Naia
1996-1999 – Alda Maria Conde Fontes de Brito e Melo
Presidente da Comissão Executiva Provisória da Escola Básica 3 e Secundária Dr. Manuel de Arriaga
1999-2000 – Jorge Alberto da Costa Pereira
Presidente da Comissão Executiva Provisória da Escola Básica 3 e Secundária Dr. Manuel de Arriaga
2000-2003 – Ilda Maria Machado Fraião
Presidente da Comissão Executiva Provisória da Escola Básica 3 e Secundária Dr. Manuel de Arriaga
2003-2004 – Natália Maria Medeiros Leal da Costa Pereira
Presidente da Comissão Executiva Provisória da Escola Secundária Manuel de Arriaga
2004-2005 – Maria Regina de Castro Goulart Bettencourt Dores
Presidente do Conselho Executivo da Escola Secundária Manuel de Arriaga
2005-2008 – Eugénio Manuel Pereira Leal
Presidente do Conselho Executivo da Escola Secundária Manuel de Arriaga
2008-2011 – Eugénio Manuel Pereira Leal
Presidente do Conselho Executivo da Escola Secundária Manuel de Arriaga
2011-2014 – Eugénio Manuel Pereira Leal
Presidente do Conselho Executivo da Escola Secundária Manuel de Arriaga
2014-2017 – Eugénio Manuel Pereira Leal
A história desta escola é indiscutivelmente um capítulo da história de uma cidade, mas, também, em tempos, das outras 3 ilhas do ex-distrito da Horta: Pico, Flores e Corvo.
A criação do Liceu foi, sem dúvida, no século XIX, “o facto de maior evidência no capítulo da instrução pública do Distrito”, porque nele receberam preparação, se fizeram para a vida inúmeras figuras que foram ilustres, que honraram as suas profissões e que procuraram ser úteis.
Quando em 1994 a escola adoptou para seu Patrono o Faialense Dr. Manuel de Arriaga, em boa verdade, não fez mais do que recuperar uma antiga designação que vigorou de 1918 a 1947: o Liceu Dr. Manuel de Arriaga.